Учебно-парусное судно (УПС) «Крузенштерн» ежегодно совершает, как правило, три учебных рейса по разным маршрутам. В зависимости от участия барка в общественно-значимых мероприятиях или регатах в различных акваториях и портах, меняется и план-график. Навигация начинается обычно в марте-апреле, а осенью судно возвращается в Калининград, чтобы в течение осени-зимы пройти необходимые ремонты или докование.

В каждом учебном рейсе, длящемся не менее 2-х, и не более 4-х месяцев, на борту находятся 120 практикантов. Это курсанты морских специальностей учебных заведений Росрыболовства: судоводители, судомеханики, радисты. Они проходят свою первую плавательную практику по программам своих колледжей или академии.